中國科學院南京土壤研究所（Institute of Soil Science，Chinese Academy of Sciences）位于南京市玄武區(qū)北京東路71號，前身可追溯至1930年7月成立的中央地質調查所土壤研究室。
中國科學院南京土壤研究所作為國家首批具有碩士和博士學位授予權的單位之一，目前擁有農業(yè)資源與環(huán)境（含土壤學、植物營養(yǎng)學、資源環(huán)境與遙感信息）、環(huán)境科學與工程（環(huán)境科學、環(huán)境工程）、生態(tài)學三個一級學科的博士和碩士學位點；地圖學與地理信息系統(tǒng)、水土保持與荒漠化防治二個碩士學位點；工程碩士（環(huán)境工程、生物工程領域）和農業(yè)碩士（農業(yè)資源利用領域）二個全日制專業(yè)學位培養(yǎng)點和“農業(yè)資源與環(huán)境”、“環(huán)境科學與工程”二個博士后流動站。
目前南京土壤研究所擁有博士研究生指導教師及碩士研究生指導教師110余名，其中中科院院士2人；在讀研究生340余人。迄今已累計培養(yǎng)研究生1200多名（含留學生8名）。
自2000年以來，培養(yǎng)的研究生學生獲得教育部和中國科學院各類獎項240余人次，其中：4名畢業(yè)生榮獲全國百篇優(yōu)秀博士學位論文獎（1人提名獎），21名畢業(yè)生獲中科院和江蘇省優(yōu)秀博士學位論文獎（2人提名獎），12名畢業(yè)生獲江蘇省優(yōu)秀碩士學位論文獎，38名畢業(yè)生獲中科院院長獎（4名特別獎）等，更多畢業(yè)生在各自的工作領域內成為了佼佼者。
